青い海、白い砂浜、色彩豊かな魚、心地よい潮風。

今となっては少なくなってきましたが、潮だまり(タイドプール)にもたくさんの生き物がいます。

そこは遊び場としてのパラダイスでもありました。

身近にいる海のいきものについて、子供から研究者まで楽しめるように紹介をしていきたいと思います。


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2009年12月14日

マイ・ロッドのデビュー

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自分専用の釣り竿では、
私の場合は、ある日突然、竹が軒先に立てかけてあって、これを釣り竿として作ってくれました。

自分の子供の場合、普段は軽量のへら竿を使わしていたのですが、ベネッセの進研ゼミで貯めたポイントで交換したルアーフィッシング・セットが自分専用にしたというのが、今風の子供と思う。

「このさおで釣りしたい」という要望を答えるため、淡路島の岩屋港へ釣行。

風が強く、きびしい状況の中、停泊してあった漁船を風よけにして、頑張ってみました。

仕掛けを降ろして、すぐに飛び付いてきたのが↓これ
PIC168.jpg


記念すべきファースト・ヒットはクツワハゼ(間違ってたらゴメン)です。

リールが付いているために、竿を持つ手にも、だんだん重く感じるようになったようでしたが、この後は、メバルの子供やアジなどが釣果となりました。

となりで出していたいつものへら竿には、コブダイの幼魚や30cmを超えるガシラなど大物!?が釣れました。

PIC169.jpg
PIC170.jpg


それにしても、このガシラ、でかい!!
こんな所で!? と思われるような場所で釣れたのが、おもしろい。

数年前に比べて、釣りをしている人が、かなり減っているように思われます。だからこそ、大きな魚に出会えるチャンスが増えてきたのかもしれません。

夜になってからは、ライトアップされた明石海峡大橋を眺めながらの温泉で一休みしてから、帰途につきました。

PIC171.jpg






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posted by イソガニ博士 at 13:56| Comment(0) | TrackBack(0) | 雑記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年12月10日

コンピューターとプログラミング

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有り難いことに、シミュレーションについて、多くの反響がありました。この場をお借りして、 読者の皆さんに厚く御礼を申し上げます。


今日は、私自身の思い出を書くことにします。

私が大学生の頃、パソコンが出始めました。
自分たちが使えたプログラミング言語はBasicです。

タンパク質研究の中で、アミノ酸分析機が打ちだしてきたデータからアミノ酸組成を割り出していくのが、電卓を使っても、けっこう大変なことでした。

そこで、プログラミングを独自で勉強し、アミノ酸組成を算出するためのソフトを作って、これを使っていました。

プログラミングが出来るようになると、ちょっと大掛かりなものも、作ってみたくなります。

当時、タンパク質の研究ではChou-Fasman法といって、アミノ酸配列からタンパク質の二次構造を計算によって予測する有名な手法が話題になっていました。
これは、29種類のタンパク質の二次構造データをもとに、20種類のアミノ酸の二次構造をとる頻度から傾向指数が割り与えられ、隣接した4〜6残基の傾向指数を比較することによって、どの二次構造をしているのかを予測します。

注:二次構造とは、タンパク質の立体構造において、部分的な折り畳まれ方を二次構造と呼んでいます。螺旋状に巻いた構造のα-へリックス, 2本のポリペプチド主鎖が平行に配置した構造のβ-シート, U字形の構造のβ-ターンなどがあります。

成長ホルモンやプロラクチンといったホルモンは200残基近くのアミノ酸から成るタンパク質なので、手計算では大変な労力になります。

計算を楽したいためにブログラミングを始めたわけですが、結構な時間が掛かってしまい、手計算した方が早い、なんて他の人から突っ込まれながら、これも何とか完成させてました。

サケのプロラクチンのアミノ酸配列を解明した時に、2種類の分子が混在していたのですが、186残基のタンパク質が逆相HPLCで分離出来たことに、驚きを感じていました。

そして、全一次構造を解明した論文の中で、Chou-Fasman法で計算した結果を参照して、逆相HPLCで分離してきた理由を考察しました。

ところが、一人のレフリーから、二次構造はあくまでも予測であって、その予測の上から更に分離してきたきたことを予測するのは科学的な見解ではない、とコメントがきたのです。

つまり、「お話」としてはおもしろいけど、立体構造に違いがあるというデータはどこにもないじゃない、という意味なのです。

私自身としては学生で、論文デビューのことだったので、かなり衝撃的な出来事でした。

これが原因なのでしょう、コンピューターを使ったシミュレーションの話題になると、少し懐疑的な態度になってしまうかもしれません。





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2009年11月24日

スーパーコンピューターの是非

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行政刷新会議の事業仕分け作業で、「京速計算機」に関する予算大幅な削減、あるいは凍結が必要とされました。

世界一の性能のスーパーコンピューターを作りたいという研究者からの要望ですが、これには、納税者からの立場から言わせてもらうと、当然の成り行きと思うのです。

このスパコン計画にあった背景には、2002年に運用を開始した地球シミュレータの貢献があったと思うのですが、このスパコンは3年くらい世界1位の位置にありました。

地球温暖化をはじめとする地球規模でのシミュレーションですが、ここで示された結果は、あくまでも「予測」であって、「真実」ではないのです。

つまり、予測の話をあたかも真実のように語るシミュレーションは、最近、話題になっている「ニセ科学」と紙一重にあるかもしれません。

本当の所は、シミュレーションは科学なのか、という本質が議論の対象になっていないのが、残念なところでもあるのです。

また、説明に立った研究者側はとにかく世界一へのこだわりを示しましたが、性能が世界一でなくても、汎用スーパーコンピューターを使って、シミュレーションができるのもまた、事実なのです。

更に重要なのは、「京速計算機」のプロジェクトでは、昨年、設計に参加していたNECや日立といったスパコンを事業にしていた企業が離脱しています。そのため、来年度では「計画の見直し」による予算の削減か凍結は必要なことなのです。

そこで、スパコンのプロジェクトで削った予算は、小中学校で使う理科教材に向けてはどうでしょうか? その方が、「科学の発展」には効果的と思えるのです。

最終的には「政治判断」に委ねられると思いますが、政治家のみなさんの「良識ある」判断に期待しましょう。



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スーパーコンピューターを20万円で創る





posted by イソガニ博士 at 14:17| Comment(10) | TrackBack(1) | 雑記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年11月17日

シーラカンスの稚魚

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(財)ふくしま海洋科学館の調査グループがインドネシア、スラウェシ州のマナド湾、水深 161mにて、シーラカンスの稚魚の撮影に成功しました。

シーラカンスの成魚は、ごっつい印象のある姿ですが、稚魚は体が細く、そのためか鰭が大きく見えるので、愛嬌のある姿で映っています。

顔は、大人と同じように見えるのが、アンバランスでおもしろいと思うのです。

PIC167.jpg

引用元
http://www.marine.fks.ed.jp/japanese/news/pdf/2009/nov/coelacanth-tigyo.pdf


シーラカンスは卵胎生なので、稚魚として親から産まれてきますが、やはり、「逆子」として出てくるのでしょうね。

そのようなシーンも見てみたい、なんて無茶な期待をしています。



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2009年11月13日

13分の11

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2009年のノーベル賞受賞者13人のうち、アメリカ国籍の研究者の数は11人でした。
今年もアメリカの圧勝です。

ところが、そのすべてがアメリカ生まれではなく、中国、カナダ、オーストラリア、インド生まれで、アメリカ国籍の研究者が受賞しています。

科学研究の分野では、なぜアメリカなのでしょうか?

研究開発への支出が盛んな国へ移住していくのが、科学者の間では一般的なことで、その受け口がアメリカだったということです。

つまり、第二次大戦後、アメリカでは、教育機関にたくさんの「お金」をつぎ込み、更に、研究所と大学が協力して高レベルの研究が行うシステムを構築していきました。

また、アメリカは元々移民の国であるので、優れた科学者や研究員の招聘に積極的であったのです。アメリカ国務省によると、毎年3万5000件以上のビザを発行しているとのこと。

このような政策の結果、物理分野の場合、アメリカ国籍の研究者が占める割合は、米国生まれは29.7%に過ぎないが、大学卒業時には43.4%、博士号取得時には55.1%へと増えていき、最終的には67.1%になっている」という調査報告が出ています。

しかし、これらは20世紀の遺産で、経済の状態が悪くなったこれからは、どうなるのでしょうか?

それと、膨大な研究費が必要とされない分野である「数学」や「建築」の世界では、ヨーロッパの研究者が賞(数学ではフィールズ賞、建築ではプリツカー賞)を独占しているのも事実なのです。

がんばれ、ニッポンわーい(嬉しい顔)




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ノーベル賞の受賞晩餐会で飲まれる絶品紅茶北欧紅茶25gミニ缶5個セットギフト箱入







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